一口に出現率が低いといってもそれぞれ出現率の違いはあるわけですが、 出現場所なども考えると入手が特に大変そうなのは以下のポケモンたちです。
以下にそれぞれのポケモンの生息地と特徴などをまとめました。
生息地：１０４ばんどうろ
ミツルのイベントで必ず見ることになるにもかかわらず、実はかなりのレアキャラです。
しかし一度出会ってしまえばつかまえるのは簡単で、ネストボールで１発です。
生息地：１０４、１１１、１１４、１１７、１２０ばんどうろ
比較的いろいろなところに出現する割に、どこでも出現率はかなり低いという変わったタイプ。
殿堂入り後はまれに大量発生しますが、狙うのは無謀か…
ネットボールなら簡単に捕獲できます。
生息地：トウカのもり
他に比べればまだ見つかりやすい方かもしれません。
ネストボールで１発。
生息地：１１６ばんどうろ
アメタマと同じくまれに大量発生しますが、
実はそれ以外にヒワマキシティでピカチュウと交換するという方法があり、
それを利用します。
生息地：いしのどうくつＢ２Ｆ
出現率だけを見れば決して低くはありません。
しかし「いわくだき」によって出現させるしかなく、Ｂ２Ｆにある岩は６個だけなので、
出現するまでにはかなり手間がかかることがあります。
生息地：１１３ばんどうろ
出現しにくいだけでなく見つけてもつかまりにくい、なかなかの強敵です。
ハイパーボールよりはネストボールのほうが有効です。
また、Ｌｖ１６のポケモンを先頭にして「ゴールドスプレー」等を使うと
出現率がかなり上がります。
生息地：おくりびやま山頂
やはり出現率も捕獲率も低い強敵。
こちらはハイパーボールのほうが有効です。
またＬｖ２８のポケモンを先頭にし、スプレーを使うと少し出現率を上げることができます。
生息地：あさせのほらあなＢ２Ｆ
出現率はそんなに低くはないのですが、干潮のときでないと生息地に入れないという問題が。
捕獲はそれほど難しくはないです。
生息地：すいちゅう
水中ではすばやく動けない上にあまりポケモンが出てこないので探す効率が悪いですが、
こいつがいないとレジロック、レジアイス、レジスチルにも出会えません。
捕獲もかなり難しいですが、ダイブボールが有効です。
また、Ｌｖ３０のポケモンを先頭にしてスプレーを使えば出現率を上げることができます。